Datuk Mustapha Maarof meninggal dunia di wad Unit Rawatan Rapi (ICU) Hospital Angkatan Tentera Tuanku Mizan, Wangsa Maju, pada 15 Disember 2014 jam 8.38 pagi. Sebelum itu allahyarham dimasukkan ke Pusat Perubatan Respiratori, Hospital Kuala Lumpur (HKL) pada 25 November 2014 kerana mengalami kesukaran bernafas sebelum dipindahkan menjalani rawatan di Wangsa Maju pada 2 Disember 2014.

Jenazah beliau disolatkan di Masjid Amru Ibnu Al-Asr, Bandar Baru Sentul dan kemudian dikebumikan disebelah pusara isterinya (Roseyatimah) di Tanah Perkuburan Islam Jalan Ampang.[6], [7]